1644年、清朝の樹立後、チベット地区における中央政府の支配を強化するため、チベット仏教、特にゲルクパに極めて大きな関心を示した。順治九年(1652年)、5世のダライ・ラマとパンチェン・ラマ、固始汗（グシカン）が招かれて上京し、盛大な儀式がおこなわれ、手厚い恩賞を与えられ、ダライを「西天大善自在仏所領天下釈教普通瓦赤喇坦喇ダライ・ラマ」に封じ、宗教指導者としての地位を明確にした。1654年にグシカンが亡くなってから、ダライ・ラマは政治的勢力を広げ、宗教の面でゲルクパの支配的地位を確立し、寺院は3000余りに達した。

チベット仏教の寺院の建築様式は非常に特色があり、本殿と塔と寺は一つにし、政教一致の性格を表わしている。いくつかの著名な大きな寺は、チベット族、漢族およびインド仏教の建築の風格が融合し、高くそびえて荘厳で、殿宇が重なり合い、装飾の美を尽くし、非常に輝かしく、きわめて高い技術水準を表わすものである。チベット寺院の建物としての類型は大体平地式の建築物、山沿い式の建築物に分けられ、平地式の建築物はチョカン寺に代表され、山沿い式の建築物はポタラ宮、ラサの三大寺(ガンデン寺、セラ寺、レプン寺)をモデルとすると言ってもよい。

チベット仏教の寺院の中で、釋迦牟尼殿はお釈迦さまを祭っており、弥勒殿は弥勒菩薩を祭り、ツォンカパ殿はツォンカパ仏を祭っている。そのほかに文珠菩薩がおり、お釈迦さまの左助侍であり、もっぱら「知恵」に仕え、常に「理」に仕える右助侍の普賢と並称している。文珠菩薩は頭部に五つのたぶさを結び、宝剣を手に持ち、知恵と鋭さを示す。観音菩薩、特に千手千眼観音は、大慈大悲の心を表すため、千手で衆生を保護し、千眼で世の中を観るといわれている。そのほかに多くの護法の神が祭られている。チベット仏教の寺院の法器はきわめて繁雑であり、大体礼器、称賛の器、お供えの器、検査の器、保護の器、忠告の器の六つに分けられている。