沖縄県も日本政府も国標建設の件について懸念を抱いていたことがわかる。こうした懸念は、彼らが釣魚島と中国との関係を腹ではよく分かっていたことを示すものだ。だからこそ日本は当面両国間に紛糾を引き起こしたくないとの考えから、直ちに一方的措置に出ることをしなかったのだ。井上が述べたように日本は「機会を見計らって事を行なう」好機を待っていた。そしてこの好機は9年後に訪れた。

1894年4月14日、日本内務省は沖縄県に以下の調査を命じた。「港湾の形状、物産及び土地開拓見込みの有無、古い記録や言い伝えに我が国に所属する証拠となる記述の有無及び宮古島、八重山島との歴史的関係」。日本政府が釣魚島占拠に少しでも有利となる証拠の発掘を望んでいたことは明らかだ。残念なことに5月12日、沖縄県から内務省に「同島に関する古い記録文書及び我が国の領有を明示する文字または口頭の言い伝えの証拠はない」と報告があった。内務省の命令から沖縄県の報告までに1カ月近くを費やしており、この報告はいい加減なものではなく、綿密な調査と考証を経たもののはずだと推察できる。この史料1つだけからも、それ以前の長い歴史において釣魚島と琉球にはいかなる関係もなかったと明確に断定できる。

同年7月、日本は甲午戦争（日清戦争）を発動した。清軍は敗退を続け、年末には敗色が決定的となった。この好機を利用して、日本政府は釣魚島を版図に組み込むことを議事日程に上げることを決定した。清政府の反応を懸念する必要はすでになくなっていたからだ。12月27日、野村靖内務大臣は陸奥宗光外務大臣に宛てた書簡で「かつてと今日とはすでに情勢が異なる」と判断し、釣魚島に国標を建設し、日本の版図に組み込むことについて閣議で討議することを提案した。1895年1月14日、日本は釣魚島を沖縄県の管轄に「編入」することを秘密裏に閣議決定した。

注目に値するのは甲午戦争後に日本は中国に馬関条約（下関条約）締結を強制し、「台湾全島及び全ての附属諸島嶼」を割譲させたが、馬関条約の付属文書では台湾附属の各島が一体どの島々を含むのかが明確でなく、附属島嶼の名称を明確に列挙した割譲目録もなければ、割譲する各島を示す地図もないことだ。通常の領土交渉では、割譲する領土を明確に列挙した文書及び地図は不可欠だ。だが馬関条約は「台湾全島及び全ての附属諸島嶼」と一言で大雑把に表現しているだけだ。これは実に奇異なことだ。

こうした大雑把で曖昧な表現の採用は、日本政府が一方的に推し進めたものと言ってよい。

その一、馬関条約交渉において、日本側は台湾受け渡し期限を短縮するよう繰り返し圧力をかけた。新政府代表の李鴻章は「台湾受け渡しは多方面に関わり、複雑であり、完全な受け渡しには条約締結後半年はかかる」と繰り返し表明。台湾巡撫と協議して受け渡し手続きを処理する人員の派遣を日本側に要求した。だが日本政府代表の伊藤博文は強い姿勢でこれを拒絶し、受け渡し期限の大幅な短縮を要求した。最終的に馬関条約は、締結後2カ月以内に双方が高官を派遣して受け渡し手続きを完了することを定めた。受け渡し期限を短縮し、台湾を熟知した台湾官吏を除外したのは、日本側の操作の余地を残すためだ。